ブドウ摂取がヒトのマイクロバイオームに及ぼす影響

Rapporti scientifici Volume 13,

Scientific Reports volume 13、記事番号: 7706 (2023) この記事を引用

3307 アクセス

134 オルトメトリック

メトリクスの詳細

長年にわたり、ブドウの食事摂取が人間の健康にプラスの影響を与える可能性を示唆する大量の情報が蓄積されてきました。ここでは、ブドウがヒトのマイクロバイオームを調節する可能性を調査します。 29人の健康な自由生活の男性（24～55歳）と女性（29～53歳）の被験者を対象に、2週間の食事制限（15日目）後、マイクロバイオームの組成と尿中および血漿の代謝物を連続的に評価した。 - ブドウを摂取する制限食（1日あたり3回分に相当）を数週間（30日目）、ブドウを摂取しない制限食を4週間（60日目）。アルファ多様性指数に基づくと、Chao 指数に基づく雌サブセットを除いて、ブドウの消費は微生物群集の全体的な構成を変化させませんでした。同様に、ベータ多様性分析に基づくと、種の多様性は研究の 3 つの時点で大幅に変化しませんでした。しかし、ブドウを 2 週間摂取した後、さまざまな酵素レベルや KEGG 経路と同様に、分類上の存在量が変化しました (例、ホルデマニア種の減少と好熱性連鎖球菌の増加)。さらに、ブドウ消費の終了後 30 日後に分類学的、酵素および経路の変化が観察され、その一部はベースラインに戻り、そのうちのいくつかはブドウ摂取の遅延効果を示唆しています。メタボロミクス分析は、これらの変化の機能的重要性を裏付け、例えば、2'-デオキシリボン酸、グルタコン酸、および3-ヒドロキシフェニル酢酸は、ブドウ摂取後に上昇し、ウォッシュアウト期間後にベースラインに戻った。個人間の変動が観察され、研究期間にわたる分類学的分布の独自のパターンを示す研究集団のサブグループの分析によって例示されました。これらのダイナミクスの生物学的影響はまだ定義されていません。しかし、ブドウの消費が正常で健康なヒトのマイクロバイオームの共生状態を乱さないことは明らかであるが、ブドウの摂取によって生じる複雑な相互作用ネットワークの変化には、ブドウの作用に関連する生理学的重要性がある可能性が高い。

300 万を超える遺伝子と約 1014 個の微生物 1 で構成されるヒトのマイクロバイオームが健康と幸福に与える潜在的な影響は重大です。過去 20 年間にわたるマイクロバイオーム研究の目覚ましい進歩により、この「組織」が人間の健康と病気に及ぼす影響について有意義な研究を可能にするツールと知識が提供されました (cf.2)。プレバイオティック、プロバイオティック、シンバイオティック、ユービオシス、ディスバイオシスなどの言葉は、現在、一般大衆や科学界の一般的な用語集に一般的に組み込まれています。この市場は、人間だけでなく他の哺乳類向けに設計された製品の提供を通じて、数十億ドル規模の産業にまで拡大しており、将来的には大幅な成長が見込まれています。

「健康な」腸内マイクロバイオームを維持することが人間の健康にとって重要であるということは一般的に同意されており、食事の潜在的な影響については広く研究されています3。そのため、タンパク質、炭水化物、脂肪、ポリフェノール、植物エストロゲンなどの食事摂取による、マイクロバイオーム組成およびマイクロバイオームによって生成される代謝産物（酢酸塩、プロピオン酸塩、酪酸塩など）のレベルの調節が記載されています4。

私たちが興味を持っているのは、ブドウが健康に及ぼす潜在的な影響です。米国だけで年間 600 万トンを超える生産が反映されているように、食用消費が普及しています。ヒトの臨床試験、または動物モデルを用いて実施された研究に基づく結果は、アテローム性動脈硬化、炎症、癌、胃腸の健康、CNS への影響、変形性関節症、膀胱機能、視覚に対するブドウが媒介する一連の反応を示唆しています5。

最近、ブドウを食餌として与えたマウスモデルを用いて、遺伝子発現、脂肪肝の予防または遅延、寿命の延長に顕著な効果があること6、さらには脳における認知と遺伝子発現にも効果があることを示しました7。ブドウの主要な化学成分はレスベラトロールであり、その生物学的可能性は広範囲に研究されています8が、この物質は通常の人間の食事から摂取できるのはほんの少量だけです。さらに、ブドウには 1600 を超える植物化学成分が含まれていることが知られており、その多くは単独または組み合わせて反応を媒介できる可能性があります。したがって、食事と健康の文脈では、ブドウを自然食品として考えることが最も重要です。

ブドウの消費に関連する幅広い行動を考慮して、私たちはメカニズムの基礎となる可能性があるものとして、ヒトのマイクロバイオームに対する潜在的な影響を調査することに着手しました。以前の研究では、ヒトの腸内細菌叢をブドウ種子ポリフェノールの総量で処理すると、短鎖脂肪酸 (SCFA) および関連する微生物集団のプロファイルに変化が生じました10。濃縮グレープパウダーを添加した高脂肪食をマウスに与えると、微生物による酪酸の生産を調節する遺伝子の量が選択的に増加しました11。私たちのマウスの研究では、腸内微生物叢の代謝物である 4-ヒドロキシフェニル酢酸、5-ヒドロキシインドール、グリセリン酸、グルコン酸、およびミオイノシトールの尿中への排泄は、ブドウを標準食餌に加えた場合に減少し、腸内微生物叢の代謝物であるグルコン酸、シロ-イノシトールは減少しました。高脂肪食にブドウを加えた場合、-イノシトール、マンニトール、キシリトール、5-ヒドロキシインドールおよび2'-デオキシリボン酸が尿中に増加しました12、13、14。さらに、2 段階の人体介入研究 (4 週間の標準化段階と 4 週間のブドウ介入段階) において、Yang et al. は、腸内微生物叢のアルファ多様性指数 (シャノン指数) の増加、ならびに総コレステロールと総胆汁酸の減少を観察しました 15。

私たちは現在、別のプロトコールとより多くの被験者を使用して、通常の自由生活ボランティアが1日あたり3サービングに相当するブドウを2週間摂取し、その後1ヶ月の休薬期間を設けたヒト試験を報告しています。得られた腸内マイクロバイオームの組成は、糞便分析を通じて評価されました。さらに、尿および血漿中の代謝産物の評価も実施されました。

試験は 2 か月間にわたって実施されました。 40人の正常で健康で自由生活をしているヒト被験者が試験に参加し、2週間の制限食(15日目)の後に血漿、尿、糞便物質が順次採取された。 1 日あたりのブドウの摂取量 (30 日目)、および 1 か月の休薬期間 (60 日目)。研究期間全体を通じて有害事象は発生しませんでした。 29 人の被験者が試験のすべての段階を完了しました。

アルファ多様性は、15、30、および60日目の研究集団のマイクロバイオームの豊富さ（数）または均一性（相対量）を評価するために調査されました（補足1）。 29 人の被験者全員が分析のためにまとめられたため、OTU、Chao1、またはシャノン多様性指数に違いは見つかりませんでした。同様に、研究グループに含まれる24～44歳の男性にも変化は観察されなかった。しかし、研究グループの女性（29～39歳）では、30日目（ブドウを2週間摂取した後）に差異が観察され、チャオ検定のコーエンのd効果サイズは0.836、p値は0.114でした（スチューデントの対応のある t 検定)。ベースライン (15 日目) と休薬期間 (60 日目) を比較した場合にも差が観察されました (コーエンの d が 0.982 および P 値が 0.079)。

Bray-Curtis の非類似性によって評価されたベータ多様性は、主成分分析 (PCA) および主座標分析 (PCoA) によって計算および視覚化されました (補足 2)。クラスター分析 (95% 信頼区間) によると、研究対象集団を全体として評価した場合、または男性のみまたは女性のみからなるグループに分けた場合、15 日目、30 日目、または 60 日目には有意差は観察されませんでした。

15日目、30日目、および60日目に29人の被験者全員からの検体で見つかった微生物種を図1Aに示します。腸内細菌叢で最も豊富に見られる種には、フェカリバクテリウムプラウスニッツィイ、プレボテラコープリ、バクテロイデスステルコリス、アリスチペスプトレディニス、ビフィドバクテリウムアドルセンティス、ユーバクテリウムレクターレ、フシカテニバクターサッカリボランス、バクテロイデスブルガタス、アリスチペスファインゴルディ、アッカーマンシアムシニフィラ、コリンセラエアロなどがあります。ファシエンス、バクテロイデスユニフォニス、バクテロイデスコプロコラ、パラバクテロイデスメルデ。図1Aのトリプレットバーの比較から分かるように、各個人の各時点は、食事プロトコルによって誘発された変化を示唆する異なるプロファイルを示しています。 15 日目、30 日目、および 60 日目のすべての種の多様性の個体差の概要は、図 1B に示す面グラフと、15 日目から 30 日目、15 日目から 60 日目、および 15 日目から 60 日目までの微生物組成の推移によって視覚化できます。 15 日目から 60 日目は、補足 3、図 S1 に示されている面グラフの重ね合わせから明らかです。

種の多様性を表すグラフ。 (A) 積み上げプロットは、1 から 29 までの個々の被験者のすべての種の多様性を示します。(B) 面グラフは、15 日目、30 日目、および 60 日目の 29 人の被験者間の種の多様性を示します。

１５日目対３０日目、３０日目対６０日目、および１５日目対６０日目の対象集団全体の微生物分類学的比較分析をそれぞれ表１、２、３に示す。表に含まれる選択は、中程度から大きな範囲の効果量を示す強い p 値およびコーエン d 値に基づいて、食事状態によって最も大きく影響されるものとみなされました。各エントリには、分類上の階層と簡単な機能的意味が指定されています。

各比較において、マイクロバイオームの重大な変化が観察されました。特に、ブドウの摂取後（30日目）、腸内で乳酸を生成するプロバイオティクスと考えられる好熱性連鎖球菌の値が上昇しました。一方、菜食主義者に見られるように、ホルデマニア属は減少しました。興味深いことに、ブドウを摂取してから 30 日後には、ホールデマニアの存在量が増加しましたが、好熱性連鎖球菌には変化が認められませんでした。 30 日の時点と 60 日の時点を比較すると、短鎖脂肪酸などの代謝産物の生成に関連する微生物の存在量の一貫した増加が認められました。これらの変化は15日目と30日目、または15日目と60日目の比較では観察されなかったため、これはブドウ消費に対する反応が遅れていることを示唆する傾向があります。

上記のように、マイクロバイオームに関連する酵素存在量の比較を、15日目対30日目、30日目対60日目、および15日目対60日目で実施した。結果をそれぞれ表4、5および6に示す。ここでも、エントリは、中程度から大きな範囲の効果量を示す強力な p 値とコーエンの d 値に基づいて選択されました。

表 4 では、15 日目と 30 日目を比較すると、エントリ数が最も少ないことがわかります。ただし、代謝解毒に価値があると考えられるカテコール 2,3-ジオキシゲナーゼ 29 が上昇していることは注目に値します。一方、(3S)-マリル-CoA チオエステラーゼは減少しており、微生物のグリオキシル酸サイクルに影響を及ぼしている可能性があります。

15 日目と 30 日目および 60 日目を比較すると、注目すべき変化は、DNA 損傷を通じて複製する能力を持つエラープローン DNA ポリメラーゼの上昇です 30。上記のように、酵素レベルが 30 日目と 60 日目のリストでは変化するが、15 日目と 30 日目のリストでは現れないのは、ブドウ摂取の遅延効果によるものである可能性があります。

最後に、マイクロバイオームに関連する KEGG (京都遺伝子およびゲノム百科事典) 経路 (レベル 3) の比較を、15 日目と 30 日目、30 日目と 60 日目、および 15 日目と 60 日目について調査しました。結果を表 7 に示します。それぞれ8と9。ここでも、エントリは、中程度から大きな範囲の効果量を示す強力な p 値とコーエンの d 値に基づいて選択されました。比較的少数の経路変化が観察されました。

30 日目と 15 日目を比較すると、ヘモグロビンの加水分解、血球の浸潤、排出、および表面タンパク質のプロセシングに重要な役割を果たす「システインペプチダーゼ」の増強が示されており、代謝産物の細胞への移動に関与する「ABC トランスポーター」の増強と減少の両方が示されています。細胞表面32、および感覚伝達経路である「ナールファミリー」の減少33。

60日目と30日目を比較すると、「オキシドレダクターゼ」（電子の伝達を触媒する酵素の大きなクラス34）、「ABCトランスポーター」、「非リボソームペプチドシンテターゼ（NRPS）」（さまざまな標準物質からの重要なペプチド生成物の合成を触媒）が強化されていることがわかります。および非タンパク質原性アミノ酸基質35)および「アスパラギン酸ペプチダーゼ」(微生物における重要な代謝プロセス36)。

60日目と15日目の比較では、「ABC経路」は再び減少し、「NRPS」と「オキシドレダクターゼ」の増強は保持されています。このデータセット全体で見つかった最も顕著な変化は、この期間における「酸素発生性光化学系」の強化です。酸素生成性光合成細菌は、酸素を発生させずに光エネルギーを利用して増殖することが知られているため、これはやや驚くべきことである。しかし、一部の生物は暗闇の中で好気的に成長し、嫌気性条件下で難治性の染料、殺虫剤、重金属のバイオレメディエーションを行うことが知られています37。

15日目と30日目のPLS-DAスコアプロットを図2Aに示します。見てわかるように、15 日目 (緑色) と 30 日目 (青色) の血漿のスコアにはほとんど差がなく、30 日目は右上の象限に移動する傾向があります。 15日目と30日目のOPLS-DAスコアプロットを図2Bに示します。ここでは、15 日目のサンプルが左側に集まり、30 日目のサンプルが右側に集まる傾向がわずかにあります。ただし、2 つの時点の間には明らかに区別がありません。

(A) 15 日目 (緑色) 血漿対 30 日目 (青色) 血漿の PLS-DA スコアプロット、(B) 15 日目 (緑色) 血漿対 30 日目 (青色) 血漿の OPLS-DA スコアプロット、および ( C) 15 日目血漿と 30 日目血漿の OPLS-DA 負荷 S プロット。 1、ステアリン酸; 2、グルクロン酸。

OPLS-DA ローディング S プロットは、59 個の同定された血漿代謝物の分布を表示します (図 2C)。上昇した代謝物と低下した代謝物はすべて、2 つの研究日の間の有意差について単変量ペアワイズ分析を使用してスクリーニングされました。制限食(15日目)とブドウ食(30日目)の間で統計的に有意に変化することが判明した血漿代謝物は2つだけでした。血漿中のステアリン酸は 10% 増加し (P < 0.05)、β-d-グルクロン酸は 17% (p = 0.003) 減少しました。

30日目と60日目のPLS-DAスコアプロットを図3Aに示します。 15 日目と 30 日目の分析と比較すると、30 日目のサンプルと 60 日目のサンプルの間のスコアの分離がわずかに良好であり、30 日目が左、60 日目が右になる傾向があります。 OPLS-DA モデルが生成された場合 (図 3B)、分離はわずかに改善されたように見えました。これは、OPLS-DA負荷Sプロット(図3C)に反映されており、60日目の血漿中で4つの代謝物が上昇し、1つが低下した。興味深いことに、ブドウ食から制限食に戻した後、グルコース (+ 11%、p = 0.007)、マンノース (+ 16%、p = 0.03)、フルクトース (+ 17%、p = 0.008) の 3 つの糖質が上昇しました。、2-ヒドロキシブタン酸と併用 (+ 7%、p = 0.01)。ブドウから制限食に戻った後、血漿中の代謝産物の 1 つである乳酸が低下しました (-17%、p = 0.02)。

(A) 60 日目 (青色) 血漿と 30 日目 (緑色) 血漿の PLS-DA スコアプロット。 (B) 60 日目 (青色) 血漿と 30 日目 (緑色) 血漿の OPLS-DA スコアプロット。 (C) 30 日目の血漿と 60 日目の血漿の OPLS-DA 負荷 S プロット。 1、ブドウ糖。 2、マンノース。 3、フルクトース。 4,2-ヒドロキシブタン酸; ５、乳酸。

１５日目の尿と３０日目の尿のＰＬＳ－ＤＡスコアプロットを図４Ａに示す。このスコアプロットでは、15 日目と 30 日目の尿の間に分離が現れています。これを OPLS-DA モデルを使用してさらに調べたところ (図 4B)、制限食の尿とブドウ食の尿の間に同様の明らかな差異が観察されました。 OPLS-DA ローディング S プロット (図 4C) では、4 つの尿中代謝物の上昇と 10 つの代謝物の減少が明らかになりました。これらの違いは、比較血漿サンプルで見られたものよりも深刻でした。

(A) 15 日目 (緑色) の尿と 30 日目 (青色) の尿の PLS-DA スコアプロット。 (B) 15 日目 (緑色) の尿と 30 日目 (青色) の尿の OPLS-DA スコアプロット。 (C) 15 日目の尿と 30 日目の尿の OPLS-DA 負荷 S プロット。 1、酒石酸; 2,2'-デオキシリボン酸; 3、グルタコン酸。 4,3-ヒドロキシフェニル酢酸; 5、バリン。 6,3-インドール酢酸; 7、リボース。 8,2,3-ジヒドロキシブタン酸; 9、ガラクトース。 10、グルコース。１１、馬尿酸；１２、カルバミン酸；１３、マロン酸； 14、レボグルコサン。

３０日目の尿と６０日目の尿のＰＬＳ－ＤＡスコアプロットを図５Ａに示す。制限食とブドウ食の尿は、PLS-DA スコアプロットでほぼ完全に分離されており、OPLS-DA モデルを適用すると継続的な改善が実現しました (図 5B)。 OPLS-DA 負荷 S プロット (図 5C) に示されているように、1 つの尿中代謝物が制限食への復帰によって上昇し、5 つの代謝物が減少しました。

30 日目 (緑色) の尿と 60 日目 (青色) の尿の PLS-DA スコアプロット (A)。 30 日目 (緑色) の尿と 60 日目 (青色) の尿の OPLS-DA スコアプロット (B)。 OPLS-DA 負荷量の 30 日目の尿と 60 日目の尿の S プロット。 1、酒石酸; 2,2'-デオキシリボン酸; 3、グルタコン酸。 4、リボン酸。 5,3-ヒドロキシフェニル酢酸; ６、フマル酸（Ｃ）。

最後に、細菌の属と種に基づいて最も明白な固有のプロファイルの変化を示す被験者のグループを分離し、これらの被験者を研究対象集団の残りの部分と比較することが興味深いと考えました。したがって、図 6 に示すプロファイルの変化を示す 11 人の被験者が選択されました。

属 (A) と種 (B) の固有のプロファイルの変化に基づいて 11 人の被験者を任意に選択。

予想通り、これらの 11 人の被験者を選択する方法に基づいて、残りの 18 人の被験者とのアルファ多様性 (補足 1、図 S1D) とベータ多様性 (補足 2、図 S1D) の比較では、有意差は明らかになりませんでした。ただし、補足 3 に要約されているように、これら 11 人の被験者と残りの 18 人の被験者の 15 日目と 30 日目、および 15 日目と 60 日目の比較では、分類学的、酵素および KEGG 経路の比較に関して有意な差が明らかになりました。たとえば、15 日と 60 日の比較では、丹丹菌、丹丹虫、丹丹亜科、ルミノコッカスの存在量が変化し (補足 3、表 S1)、3 つの KEGG 経路 (補足 3、表 S2) と 13 の酵素 (補足 3、表 S2) も変化しました。補足 3、表 S3)。

30 日目と 60 日目の比較 (補足 3、表 S4) では、次の分類群が大きく異なることが明らかになりました。綱: コリオバクテリア属 (胆汁酸代謝 38)、目: コリオバクテリア目 (胆汁酸代謝 39)、科: コリオバクテリア科 (胆汁酸代謝 40)、属: Collinsella (Collinsella は、2 型糖尿病における炎症促進性腸内細菌叢の異常と、NAFLD 病態の促進メカニズムを示唆する循環インスリンとの関連性が指摘されています 41)、種: Collinsella aerofaciens (C. aerofaciens は、ヒトの結腸における乳糖の主な利用者です)いくつかの研究は、Collinsella と Bifidobacterium が宿主の胆汁酸を修飾して腸内病原体の毒性と病原性を調節できることを実証しました 42)。同様に、酵素と KEGG 経路の 30 日目と 60 日目の比較では、いくつかの有意な差が観察されました (補足 3、表 S6 および S7)。

分類学的存在量の変動における亀裂は、選択された被験者とグループの残りの被験者の15日目と60日目の比較ではそれほど深刻ではありませんでした（補足3、表S7）。ただし、酵素レベル (補足 3、表 S8) と KEGG 経路 (補足 3、表 S9) には多くの有意な差が観察されました。

最後に、2 つのサブグループの比較メタボローム分析を、30 日目 (ブドウ消費後) の時点で OPLS-DA を使用して調査しました。図 7 に示すように、尿サンプルと血漿サンプルの両方を使用した OPLS-DA スコアプロットに基づいて、11 人の被験者からなる選択されたグループを残りの 18 人の被験者から区別できます。しかし、微生物叢に由来すると判断された血漿および尿の代謝物の単変量データ分析では、血漿中のミオイノシトールが若干減少したことを除けば、2 つのグループ間に大きな差は示されませんでした（p = 0.03）（補足 4）。

血漿サンプル OPLS-DA は、血漿 (A) および尿 (B) サンプルを使用して決定された、選択された 11 人の被験者グループ (赤) と残りの 18 人の被験者 (緑) のプロットをスコア化します。

健康な個人の腸内マイクロバイオームは比較的安定していますが、腸内細菌叢異常は、クローン病、自己免疫疾患、結腸癌、胃潰瘍、心血管疾患、肥満などの健康上の問題を引き起こしたり、それらに関連したりする可能性があります。今回の研究では、被験者の性別と年齢は異なりましたが、全員が健康状態であるとみなされました。したがって、これらの人々はユービオティックな状態、つまり有益な細菌と有害な細菌のバランスが取れた状態で研究を開始すると予想されました。したがって、私たちの目標は、特定の変化を引き起こすことを目的としたものではありませんでした。私たちの目標は、一般的な食事の果物、つまりブドウの摂取がプレバイオティクス、プロバイオティクス、または抗生物質として機能するかどうか、あるいは実際に大きな変化がまったく起こらないかどうかを判断することだけでした。その際、管理された食事療法を2週間続けた後、通常の3食分に相当する明確に定義されたブドウの代替品を毎日摂取するという2週間の食事を補充し、最後に1回分を摂取しました。 1か月間休薬期間を設け、管理された食事療法は継続したが、ブドウの補給は中止した。これら 3 つの時点のそれぞれで、分析のために糞便サンプルが収集されました。

私たちはまず、研究集団全体の豊かさ（数）または均一性（相対的な豊富さ）を示す広範な指標としてアルファ多様性を調べました。 15、30、または60日目には集団間に知覚可能な差異はありませんでした（補足1、図S1A）。アルファ多様性は性別や年齢によって異なる可能性があることを考慮して43、被験者をコホートに分類し、分析を繰り返しました。繰り返しますが、ベースラインと 30 日目 (ブドウを摂取して 15 日) との比較では、29 歳から 39 歳までの女性を除き、さまざまな時点で大きな差異は観察されませんでした。Chao テストのコーエンの D 値は、 0.836、p 値は 0.114 (スチューデントの対応のある t 検定)、ベースライン (15 日目) と休薬期間 (60 日目) を比較すると、コーエンの D 値は 0.982 で、対応する p 値は 0.079 でした (補足 1、図.S1B）。この差は男性被験者では観察されず（補足1、図S1C）、女性グループの30日目と60日目を比較した場合にも差はありませんでした（チャオ検定;コーエンのD値0.047およびp = 0.93、スチューデントの対応のあるt-テスト）。

興味深いのは、ブドウの摂取後に変化を示したメスのアルファ多様性が、30 日間のウォッシュアウト期間の後でもベースラインに戻らなかったことです。この変化の影響があるとすれば、さらに調査する価値があります。我々は、Yang et al.15 が、19 人の被験者に本明細書で使用されるブドウ代用物を 4 週間与えたとき、シャノン指数に大きな変化があったことを報告していることに注目する。この研究に登録された被験者の性別は特定されていないが、年齢範囲は18～55歳であり、閉経後の女性は除外されていると述べられている。また、私たちの研究の女性グループで観察されたように、食事の質の高さは腸内細菌叢の多様性の高さに反映されている可能性があることにも注目しています44。

次に、15 日目、30 日目、および 60 日目のベータ多様性、類似性または非類似性を調査しました。Bray-Curtis の非類似性は、PCA および PCoA によって計算され、視覚化されました。補足 2 に示すように、ブドウの摂取前、摂取中、摂取後に研究対象集団に大きな違いは観察されませんでした。これは、研究対象集団全体だけでなく、性別に基づいた細分化にも当てはまります。

したがって、アルファ多様性とベータ多様性の両方の分析に基づいて、ブドウの摂取自体は、この研究対象集団と微生物叢の全体的な共同関係を変えるものではないと結論付けています。対照動物やインビトロでの研究とは異なり、自由生活の人間を調べる場合には大きな個体差が存在します。これは、図１Ａに示されるトリプレットバーの最初のバー（１５日目）と、図１Ｂに示される複合オーバーレイとの比較によって示される。ブドウ介入期間 (30 日目) に続いて、図 1A の最初の 2 つのバー (15 日目と 30 日目) を比較すると、対応する合成オーバーレイを比較することでさらに視覚化できるように、基本的にすべてのケースでの変化が示唆されます。日 (図 1B)。研究デザインに基づくと、これらの変化をもたらした最も可能性の高い要因は、食餌性ブドウの 2 週間の投与でした。 3 つのグラフの最後のバーは、3 番目のオーバーレイと同様に、ブドウの投与終了後の微生物叢の状態を示しています。この最終時点で取り上げられた問題は、そのパターンが以前のブドウ投与に戻るのか、それとも何らかの変化が永続するのかということでした。答えはその人自身にあるようです。

まず第一に、さまざまな時点での複合オーバーレイから認識できるように、微生物叢の構成要素の量が実際にブドウの食事介入によって変化することは明らかです（補足3、図S1）。 3 つの時点すべての間に差異が存在します。選択した被験者によるより詳細な検査を図 6 に示します。これらの例から収集できることは、被験者 1、9、13 が示すように、ブドウの摂取によって誘発されたマイクロバイオームの変化は持続する可能性があり、元の状態に戻る可能性があるということです。被験者 21 と 32 が示すように、15 日間のベースラインでは明らかな変化は見られません (被験者 3 と 28)、またはその中間の変化が見られません。

研究集団全体の分類の比較分析では、15 日目と 30 日目 (表 1)、30 日目と 60 日目 (表 2)、および 15 日目と 30 日目 (表 3) を比較すると、微生物存在量に大きな変化が見られました。）。酵素レベル (表 4、5、6) および KEGG 経路 (表 7、8、9) の対応する変化は、各時間の比較における分類学的シフトと関連していました。これらの影響の生理学的影響を解読する試みとして、マイクロバイオームに関連すると考えられる代謝産物を調査するために、各時点で被験者集団から提供された血漿および尿の検体を用いてメタボローム分析が実施されました。

血漿の場合、15日目と30日目のPLS-DAスコアプロットにはほとんど差がありませんでした（図2A）。同様に、OPLS-DA スコアプロットでは、2 つの時点の間に明確な分離がないことが明らかになりました (図 2B)。これと一致して、OPLS-DA ローディング S プロットは、同定された 59 個の血漿代謝産物の分布を表示しました (図 2C)。 % (p = 0.003)] は統計的に有意な変化を示しました。

15 日目と 30 日目の比較と比較して、30 日目と 60 日目を比較すると、PLS-DA スコアプロット (図 3A) でわずかに良好な分離が観察されましたが、これは OPLS-DA モデルの生成により多少改善されました。 (図3B)。 OPLS-DA 負荷 S プロット (図 3C) に反映されているように、ブドウ食から制限食に戻した後、3 つの糖が上昇しました [グルコース (+ 11%、p = 0.007)、マンノース (+ 16%、 p = 0.03) およびフルクトース (+ 17%、p = 0.008)]、2-ヒドロキシブタン酸 (+ 7%、p = 0.01)。ブドウから制限食に戻した後、血漿中の乳酸は減少しました (-17%、p = 0.02)。

文献で報告されているように、ブドウ中止後のウォッシュアウト期間中のグルコース、マンノース、フルクトースの増加は、ブドウ摂取がメタボリックシンドロームに効果がある可能性と相関しています45、46。この示唆と一致して、我々は、マウスの標準食と高脂肪食の両方にブドウを追加すると、リンゴ酸-アスパラギン酸シャトルの上方制御、つまり肝臓によるグルコース利用効率の上昇と関連していることを報告しました12。さらに、2-ヒドロキシブタン酸は主にグルタチオン合成中に肝臓で生成され、マウスのブドウ食に関連して上昇することも報告しています6。

24 時間にわたって収集された尿を分析すると、被験者集団全体の時点を比較すると、より顕著な違いが明らかになりました。 15 日目の尿と 30 日目の尿の明確な分離は、PLS-DA スコアプロット (図 4A) および OPLS-DA モデル (図 4B) によって示されています。 OPLS-DA ローディング S プロット (図 4C) では、4 つの尿中代謝物の上昇が明らかになりました。その増加はブドウの摂取の直接の結果であると考えられ、ブドウを含まない食事でさらに 30 日間摂取すると、それらはすべて減少しました。

酒石酸が最も大幅に増加しました (5 倍、p < 0.0001)。ブドウ自体の成分として、これはブドウの消費量や食事順守を監視するための優れた指標と見なすことができます。ブドウ食の摂取により、2'-デオキシリボン酸も上昇しました (+ 26%、P = 0.009)。この代謝産物は、2'-デオキシリボノラクトンの加水分解によって得られます。2'-デオキシリボノラクトンは、脱塩基部位での 2'-デオキシリボースの酸化によって DNA 内に形成され、細胞あたり 1 日あたり数千の割合で発生する最も頻繁な DNA 損傷です。このプロセスは、ラギング DNA 一本鎖が特に脱プリン化に対して最も脆弱な DNA 複製部位で優先的に起こります 47。 2'-デオキシリボノラクトンは、二本鎖 DNA からは 32 ～ 54 時間の半減期で放出されますが、一本鎖 DNA からはより速く放出され、半減期は約 20 時間です。したがって、ブドウ摂取後の 2'-デオキシリボン酸の上昇は、それまでの何日間にもわたって起こった出来事の蓄積である可能性があります。このプロセスは、1 つまたは複数のブドウの成分によって修復が強化される、自然に発生する DNA 脱プリン化を表す可能性もあります。さらに、以前に報告されたマウスへのブドウ投与に関する 2 件の研究では、ブドウ食の投与に関連する 2'-デオキシリボン酸の上昇も観察され 6,12、人間の介入研究では個体間変動が観察されました 49。

さらに、グルタミン酸に由来する別の 5 炭素化合物であるグルタコン酸も、ブドウの摂取後に上昇することがわかりました (+ 26%、p = 0.004)。チロシン代謝に関連する 3-ヒドロキシフェニル酢酸も上昇しました (+ 44%、p = 0.002)。一方で、腸内細菌叢の代謝に関連する2つの物質、3-インドール酢酸と馬尿酸の尿中排泄は減少し、バリン、リボース、2,3-ジヒドロキシブタン酸、ガラクトース、グルコース、カルバミン酸、マロン酸も減少しました。、レボグルコサン。

文献調査により、グルタコン酸の細菌起源にはクロストリジウムシンビオサム 50 が関与し、3-ヒドロキシフェニル酢酸の細菌起源にはパラバクテロイデス属 51、クロストリジウム属 52、または肺炎桿菌 53 が関与していることが明らかになりました。これらの種は、主要な分類学的変更をまとめた表 1 には含まれておらず、実際、その後の分析により、これらの種は、この研究集団において 15 日目と 30 日目で有意な差がないことが明らかになりました (補足 5)。このような問題を明らかにするにはさらなる研究が必要ですが、この二分法は、潜在的に生理活性のある代謝物の実際の生成を定義する際に、マイクロバイオミクスよりもメタボロミクスの価値を示しています。

３０日目の尿と６０日目の尿のＰＬＳ－ＤＡスコアプロット（図５Ａ）およびＯＰＬＳ－ＤＡモデリング（図５Ｂ）の分析は、スコアのさらに明確な分離を示した。 OPLS-DA 負荷 S プロット (図 5C) では、1 つの尿中代謝産物が制限食に戻すことによって上昇しましたが、上記のように、食餌にブドウを追加した後の代謝産物は減少しました。

最後に、上で述べ、図 6 に示したように、自由生活をする人間の集団では個人差が認められることは明らかです。この研究の目的として、ブドウ摂取の影響をできるだけ正確に把握するために、被験者は食事とライフスタイルの制限に同意しました（補足6および7）。ただし、これは、個人が完全に均一な方法で反応することを期待していたわけではありません。これらの考慮事項に基づいて、最初はマイクロバイオームの分類学的プロファイルに基づいて研究集団の特定のセグメントを分離し、この選択されたグループを同じ方法論を使用して研究に参加している他のグループと比較することが興味深いと考えました。

研究を完了した29人の参加者のうち、3つの時点を比較したときの属と種の固有のプロファイルの変化に基づいて11人の被験者が選択されました（図6）。グループ全体と同様に、選ばれた 11 人の被験者のマイクロバイオームのアルファおよびベータ多様性には有意差は見つかりませんでした。ただし、各時間の比較 (15 対 30、15 対 60、30 対 60) で、選択した 11 人の被験者を残りの 18 人の被験者と分類、酵素レベル、KEGG 経路分析の観点から比較すると、有意差が明らかになりました。 (補足3)。これらの違いの機能的重要性を確認すると、30日目の時点（ブドウ消費後）で、OPLS-DAを使用すると、血漿サンプル（図7A）と尿（図7B）の両方で明確な分離が観察されました。これらの代謝変化の完全な化学的性質はまだ解明されていません。これまでのところ、微生物叢に由来すると判断された血漿および尿の代謝産物の分析では、血漿中のミオイノシトールの正体が判明しただけで、血漿中のミオイノシトールは若干減少していました（p = 0.03）（補足 4）。

要約すると、本明細書に提示されたデータは、ブドウの摂取が、正常で健康なヒト被験者のマイクロバイオームの共生状態を乱さないことを実証している。ブドウの消費は、マイクロバイオームの分類学的組成、酵素レベル、KEGG 経路、メタボロームを変化させます。自由生活をしている人間の異質なグループを対象とした研究ではよくあることですが、研究対象集団の部分分析によって個人間の変動が実証されました。しかし、研究グループ全体としては、ブドウの消費によって媒介される変化が観察され、これは広く適用されることが期待されます。これらの反応がブドウに関連する健康上の利点のいずれかの原因であるか、または関連しているかを判断するにはさらなる研究が必要ですが、これらのタイプの変化が重要であるほど十分に深刻であると期待するのは論理的であるように思えます。

この研究の目的は、マイクロバイオームの微生物組成とメタボロミクス分析に基づいて、マイクロバイオームに対するブドウ摂取の潜在的な影響を判断することでした。実行可能な限り多くの交絡因子を除去する試みとして、被験者は補足 6 に記載されている包含/除外基準を満たす必要がありました。基準を満たす被験者について、研究の全体的な性質について議論しました。特に、研究に関連する食事とサプリメントの制限（補足 7 に記載）が検討され、被験者には許容される食品に関する質問ができる連絡先番号が与えられました。この時点で、インフォームドコンセント文書に署名した被験者が研究に登録されました。

研究の1日目に、被験者には最初の糞便サンプル収集キットが提供され、研究の食事を開始しました。彼らは、13/14 日目に糞便サンプルを収集し、15 日目 (± 2 日) にサンプルを含む検査キットを返送するように指示されました。さらに、被験者には、15日目に糞便サンプルを返送する前に12時間絶食するよう指示され、その日に血漿も調製されることになった。

研究の1日目には、被験者には採尿容器も提供されました。研究の 14 日目またはその前後に、各ボランティアは 0 ～ 24 時間の完全な尿サンプルを収集しました。自宅での収集期間中、サンプルは各収集の間と収集後に冷蔵されました。

研究の 15 日目に、最初の糞便検査キットが届きました。すべての糞便サンプルは、Diversigen のガイドラインに従って収集、記録され、出荷の準備が行われました。 24 時間以内に、サンプルは分析のために速達郵便で Diversigen (ミネソタ州ニューブライトン) に送られました。

さらに、最初の尿サンプルボトルを受け取り、手で振って均一性を確保しました。体積をmL単位で測定し、記録した。 5 mL を 15 mL Falcon チューブに移し、被験者のコード、日付と時刻、24 時間の尿量をラベル付けし、分析前に -20 °C で凍結しました。

被験者には、2 つ目の糞便検査キット、2 つ目の採尿容器、および 2 週間のブドウ粉末摂取期間を維持するのに十分なブドウ粉末が提供されました。説明書（補足 8）の提供に加えて、被験者は研究中に粉末の使用方法についても指導されました。摂取の直前に、被験者はブドウ粉末（36 g）を約6オンスの水と混合しました。これを１日２回（午前と午後／夕方に１回）１４日間実施した。被験者には、飲み忘れた場合にはできるだけ早く服用するようアドバイスされました。被験者には、製品の使用状況を記録するための毎日の日記が与えられ、30日目（±2日）にコンプライアンスを記録するために空の粉末パウチを持ち込むように指示されました。

最後に、少なくとも 7 mL の全血を 10 mL チューブのヘパリン処理バキュテナー (ヘパリンナトリウムを含む) に採取し、4 °C、2200 ～ 2500 rpm で少なくとも 15 分間遠心分離するまで氷上に置きました。ガラス製パスツールピペット（1回限り使用）を使用して、赤血球を移さずに上部血漿層（3 mL）を慎重に除去し、被験者のコード、日付、時刻をラベルを付けたプラスチック製のネジ付きチューブに入れました。サンプルは分析前に -20 °C で保存されました。

研究の30日目に、被験者は最近採取された検体と24時間の採尿物を含む2番目の糞便検査キットを返却した。サンプルは上記のように処理および保管されました。ブドウの粉末が入っていた空の袋が返却され、被験者はその経験について尋問された。有害事象が報告されました。

全血を収集し、血漿を上記のように調製した。各採血の前に、被験者は少なくとも過去 12 時間絶食していたことを確認した。被験者には 3 つ目の糞便サンプル採取キットと 3 つ目の尿採取容器が与えられ、ブドウを含まない研究食と薬剤を含まない療法を 4 週間の休薬期間継続しました。

60日目(±2日)に、対象は分析用に準備された最後の糞便および尿サンプルを返却し、最終の血漿サンプルが収集された。

ブドウの生物学的および生理学的可能性に関する実験および臨床研究の一貫性と継続性を確保するために、カリフォルニア生食用ブドウ委員会（カリフォルニア州フレズノ）の後援のもと、凍結乾燥粉末が製造されています54。新鮮なブドウの代わりとなるブドウ粉末は、生物活性化合物を保持するために粉砕および凍結乾燥された、新鮮な種ありおよび種なしの赤、緑、黒ブドウで構成されています。この粉末は、食品の適切な製造手順に従って調製されています。微生物分析を通じて製品が汚染されていないことを保証することにより、さらなる品質保証が提供されます。さらに、製品は主要な植物化学成分の定量のための化学標準化の対象となります54。現在の研究では、標準化された凍結乾燥ブドウ粉末 36 g を含む真空密封パケットが供給され、使用するまで -20 °C で保管されました。

41 人の被験者が研究に登録され、29 人の被験者 (70.7%) が研究を完了しました。 12人の被験者(29.3%)が研究を中止した。 5人の被験者（12.2%）が同意を撤回し、3人の被験者（7.3%）が追跡不能となり、2人の被験者（4.9%）がAE（必要な除外薬および新型コロナウイルス感染症の症状）によるもので、2人の被験者（ 4.9%）はその他（除外薬および新型コロナウイルス感染症陽性）が原因でした。

被験者の平均年齢（標準偏差[SD]）は39.8（9.6）歳、年齢中央値は40.0歳、最低年齢と最高年齢はそれぞれ20.9～55.7歳であった。 22人の被験者(53.7%)が女性であり、19人の被験者(46.3%)が男性であった。被験者の人種には、白人/白人 (40 人の被験者、97.6%) とその他 (1 人の被験者、2.4%) が含まれていました。被験者の大多数、29 人（70.7%）はヒスパニック系またはラテン系ではなく、12 人（29.3%）はヒスパニック系またはラテン系でした。

研究計画書、被験者情報およびインフォームドコンセントフォーム（ICF）、およびその他の書面による被験者情報は、治験審査委員会（IRB）IntegReview, 3815 S. Capital of Texas Hwy, Suite 320, Austin, TX 78,704 によって審査および承認されました。、電話: 512–326-3001、ファックス: 512–697-0085、http://www.integreview.com。

すべての研究は、関連するガイドラインと規制に従って実施されました。すべての参加者からインフォームドコンセントが得られました。

サンプルは、0.5 mm および 0.1 mm セラミックビーズを備えた Powerbead Pro Plates (Qiagen) を使用して、QiaCube HT (Qiagen) で高スループットのために自動化された PowerSoil Pro (Qiagen) で抽出されました。

サンプルは、Quant-iT PicoGreen dsDNA Assay (Invitrogen) で定量されました。

ライブラリーは、Illumina DNA Prep キット (Illumina) を応用した手順で調製しました。 BoosterShot® (浅いシーケンス、2 M リード/サンプル) の場合、シングルエンド 1 × 100 リード (Illumina) を使用して Illumina NovaSeq でライブラリーをシーケンスしました。

DNA 配列は低品質 (Q スコア < 30) と長さ (< 50) でフィルタリングされ、cutadapt を使用してアダプター配列がトリミングされました。ヒト宿主配列の読み取りは、Bowtie2 を使用して削除されました。

アライメントの前に配列を最大長 100 bp にトリミングし、shi7 を使用して単一の fasta に変換しました。 DNA 配列は、追加の手動でキュレーションされた菌株 (Venti) を含む細菌の RefSeq 内の代表的なゲノムを含むキュレーションされたデータベースとアラインメントされました。すべての参照ゲノムに対して 97% の同一性でアライメントが行われました。 BURST を使用した完全なギャップアライメントを使用して、すべての入力配列を Diversigen の Venti データベース内のすべての参照配列と比較しました。固有の運用分類単位 (OTU) の全体数を最小限に抑えることで、関係を解消しました。分類学の割り当てでは、各入力配列には、最良のヒットに結び付けられたすべての参照配列の少なくとも 80% にわたって一貫した最も低い共通祖先が割り当てられました。配列数が 10,000 未満のサンプルも破棄されました。すべての種レベルのマーカーの 100 万分の 1 未満を占める OTU、およびカバーされる固有のゲノム領域の 0.01% 未満 (全ゲノムの 1% 未満) を占める OTU は破棄されました。各 OTU のカウント数は、平均ゲノム長に正規化されました。次に、カウントデータを各サンプルの相対存在量に変換しました。正規化およびフィルタリングされたテーブルは、すべての下流分析に使用されました。

京都遺伝子およびゲノムオルソロジー百科事典グループ (KEGG KO) は、Venti 株データベースに由来する遺伝子データベースに対して 97% の同一性でアライメントを使用して直接観察されました。このデータベースを構築するために、Venti データベース内の各種の代表的な株に Prokka (v 1.12) を使用して注釈が付けられました。 Prokka アノテーションは KEGG ID と相互参照され、KEGG アノテーションが付いた遺伝子配列は機能データベースでの使用のために保持されました。 KO 表と下流の表には、サンプル内の相対存在量に変換された直接観察された KO 数が含まれています。 KO は、レベル 2 および -3 の KEGG 経路および KEGG モジュールに集約されました (www.kegg.jp/kegg/kegg1.html)。

Chao1 インデックス、シャノンインデックス、および観察された OTU 数 (分類グループ) は、QIIME 1.9.1 を使用してサンプルに許容される最小深さ (10,000) に設定された希薄化されたフィルター処理された分類テーブルを使用して計算されました。 Bray-Curtis ベータ多様性メトリクスは、QIIME 1.9.1.2 を使用して、フィルター処理された分類法と KEGG モジュール/酵素の相対存在量から計算されました。

まず、すべての血漿サンプルの 50 μL アリコートをプールすることにより、24 個の品質管理 (QC) サンプルを調製しました。各サンプルに対して複数のアッセイを実施し、凍結と解凍の繰り返しを避けるため、すべてのサンプルを 200 μL のアリコートに分割し、エッペンドルフチューブに保存しました。サンプルは 1A、1B、1C、2A、2B、2C…とラベル付けされました。ここで、# = 被験者 ID、A = 15 日目 (± 2 日)、B = 30 日目 (± 2 日)、C = 60 日目 (± 2 日) ）。サンプルは -20 °C で保存されました。すべてのサンプルは QC サンプルと一緒に 2 回分析されました。これらは、ランダム化された順序で 30 個のロットで 7 日間連続して分析されました。したがって、最も一般的には、血漿サンプルの複製を別の日に分析しました。サンプルは BSTFA/TMCS で誘導体化され、以前に説明した方法 12 を使用して Agilent GC-MS システムで分析されました。クロマトグラフィーのピークは、質量スペクトルを 242,466 個の質量スペクトルの NIST 14 スペクトルライブラリと比較する AutoQuant (Agilent) を使用して特定されました。異性体糖であるグルコース、ガラクトース、フルクトース、マンノースなど、関連する代謝産物が同様の質量スペクトルを生成する不明確な場合には、本物の標準を使用し、ガスクロマトグラフィーカラムでの保持時間からピークを同定しました。一部の成分は複数の微分値 (したがってクロマトグラフィーのピーク) を生成し、それらを合計しました。各代謝産物の相対濃度は、そのピーク面積と内部標準 4-クロロフェニル酢酸のピーク面積の比から決定されました。次に、Quant Browser を使用して、すべてのサンプルで特定されたすべての代謝物のピーク面積比 (相対濃度) を含む Excel スプレッドシートを構築しました。このデータマトリックスは、多変量データ分析を行うために SIMCA 17 にインポートされました。

まず、誘導体化尿の GC-MS クロマトグラムでは尿素が優勢であることが十分に確立されているため、ナタタマメウレアーゼとのインキュベーションによってすべての尿サンプルから尿素が除去されました。この手順により、尿中に検出される代謝産物の数が増加し、その変動係数が減少すると報告されています55。他のすべての点では、尿サンプルは血漿サンプルと同じ手順で連続 7 日間分析されました。

この分析は、潜在構造への投影 - 判別分析としても知られています。これは教師あり多変量データ分析であり、各サンプルのクラスが分析に含まれることを意味します。 PLS-DA およびその他の教師ありメソッドは、データの過剰モデリングの影響を受けやすいです。このような過剰なモデリングを阻止するために、PLS-DA モデルには、200 個の順列を持つリーブワンアウトプロトコルを使用した検証方法が適用されました。 R2 (相関) 値と Q2 (予測可能性) 値がそれぞれ 0.3 および 0 未満に減衰すると、PLS-DA 分析でデータが過剰にモデル化されていないことが保証されます。

この分析により、PLS-DA スコアプロットの次元が削減されます。結果として得られる OPLS-DA 負荷の S プロットには、相対存在量 (X 軸) および OPLS-DA モデルとの相関関係 (Y 軸) に関連して、GC-MS によって測定された代謝物が表示されます。右上の象限の負荷は、試験グループ内で上方制御される代謝物を表し、左下の象限の負荷は、試験グループ内で下方制御される代謝物を表す。グラフの点 (0,0) をまたぐ負荷は、実験操作 (食事の変更など) に無関係な代謝産物を表します。

上記のデータセットを生成した後、微生物種の積み重ねられたプロットを目視検査すると、いくつかの固有の個々のプロファイルの変化が示されました (図 1A および 6A)。これと、PCA プロットの幾何学的座標で観察された最大の差と組み合わせて [補足 2、図 S2 パネル D(i) ～ D(vi)] により、11 名の被験者 (女性 6 名、男性 5 名) が選択されました。サブ分析は、上記と同じ方法論を使用して、これらの選択された 11 人の被験者と残りの 18 人の被験者を比較して実行されました。

時間の経過に伴うグループ間の統計的有意性を判断するために、Microsoft Excel を使用して対応のある t 検定を実行しました。さらに、異なるグループを比較するために Cohen d 値 (効果の大きさ) が計算されました 56。 GC-MS メタボロミクスの分析には、GraphPad Prism 9.3.1 を使用して、一変量データ分析 (Wilcoxon マッチドペア符号付き順位検定) を実行しました。統計的有意性は p < 0.05 のレベルで定義されましたが、場合によっては、コーエンの D 効果サイズとともに 0.05 ～ 0.10 の範囲の p 値が報告されます 56。統計分析の追加の方法がテキストに含まれています。

被験者は登録基準を満たしており、この研究の全体的な性質について詳細に議論されました。これには、研究に関連した食事とサプリメントの制限が含まれます。被験者には、質問ができるように連絡先番号が与えられました。インフォームド・コンセント文書に署名した被験者のみが研究に登録されました。

研究計画書、被験者情報およびインフォームドコンセントフォーム（ICF）、およびその他の書面による被験者情報は、治験審査委員会（IRB）IntegReview, 3815 S. Capital of Texas Hwy, Suite 320, Austin, TX 78704 によって審査および承認されました。、電話: 512-326-3001、ファックス: 512-697-0085、http://www.integreview.com。

すべての研究は、関連するガイドラインと規制に従って実施されました。すべての参加者からインフォームドコンセントが得られました。

現在の研究のために生成および分析されたデータセットは、国立バイオテクノロジー情報センター (NCBI) リポジトリ、アクセッション番号 PRJNA882649 で入手できます。

京都の遺伝子とゲノム事典

非リボソームペプチド合成酵素

主成分分析

主座標分析

短鎖脂肪酸

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著者らは、被験者の募集と臨床検体の収集を管理してくれたTKL Research, Inc.（1 Promenade Boulevard, Suite 1201, Fair Lawn, NJ 07410）に感謝している。

この研究は、カリフォルニア生食用ブドウ委員会によって部分的に支援されました。スポンサーは記事の準備には関与していませんでした。データの収集、分析、解釈において。報告書の作成において。そして、この記事を出版のために提出するという決定においても。

免疫学プログラム、メモリアルスローンケタリングがんセンター、ニューヨーク、ニューヨーク、10065、米国

アシム・デイブ

College of Pharmacy and Health Sciences、Western New England University、1215 Wilbraham Rd.、Springfield、MA、01119、USA

監督ベイオール、ジェフリー・R・アイドル、ジョン・M・ペズート

ロングアイランド大学アーノルド＆マリー・シュワルツ薬学健康科学部薬学部門、ブルックリン、ニューヨーク州、11201、米国

パク・ウンジョン

マサチューセッツ大学医学部医学部 - ベイステート、スプリングフィールド、マサチューセッツ州、01199、米国

ジョン・M・ペズート

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概念化、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。方法論、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。ソフトウェア、AD、E.-JP、DB。検証、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。形式分析、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。調査、AD、E.-JP、DB。リソース、JMP および JRI。データキュレーション、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。執筆 - 原案の準備、AD、E.-JP、および JMP。執筆 - レビューと編集、AD、E.-JP、DB、JRI、および JMP。視覚化、AD、E.-JP、DB、JRI、JMP。監修、E.-JP。 JRI と JMP。プロジェクト管理、JRI および JMP。資金調達、JRI、DB、および JMP すべての著者が原稿の出版版を読み、同意しました。

ジョン・M・ペズートへの通信。

JMP は、カリフォルニア生食用ブドウ委員会の科学諮問委員会の委員を務めています。残りの著者は全員、競合する利害関係がないと宣言します。

シュプリンガーネイチャーは、発行された地図および所属機関における管轄権の主張に関して中立を保ちます。

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転載と許可

デイブ、A.、ベイオール、D.、パーク、EJ。他。ブドウの摂取がヒトのマイクロバイオームに及ぼす影響。 Sci Rep 13、7706 (2023)。 https://doi.org/10.1038/s41598-023-34813-5

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受信日: 2022 年 9 月 22 日

受理日: 2023 年 5 月 8 日

公開日: 2023 年 5 月 12 日

DOI: https://doi.org/10.1038/s41598-023-34813-5

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